- PCR (test) - PCR tekniği nedir?
- PCR (test) - PCR yönteminin uygulanması
- PCR (test) ve Lyme hastalığı
- PCR - sonuçlar. Yanlış pozitif olabilirler mi?
- PCR - sonuçlar. Yanlış-negatif olabilirler mi
Makaleyi arkadaşlarınızla paylaşarak sitenin geliştirilmesine yardımcı olun!
PCR birçok hastalığın teşhisinde kullanılmış bir testtir. PCR yöntemi, organizmadaki bakterilerin ve özellikle DNA'sının doğrudan varlığının gösterilmesini sağlar. PCR, diğerlerinin yanı sıra, Lyme hastalığı tanısında. PCR tekniği nedir? Gerçek zamanlı PCR nedir?
İçindekiler:
- PCR (test) - PCR tekniği nedir?
- PCR (test) - PCR yönteminin uygulanması
- PCR (test) - Lyme hastalığı
- PCR (test) - sonuçlar. Yanlış pozitif olabilirler mi?
- PCR (test) - sonuçlar. Yanlış-negatif olabilirler mi
PCR(polimeraz zincir reaksiyonu) genetik ve moleküler laboratuvarlarda kullanılan birincil yöntemdir. Bunun için 1993 yılında Nobel Ödülü'ne layık görülen Kara Mullis tarafından 1983 yılında geliştirilmiştir.
PCR (test) - PCR tekniği nedir?
PCR testibelirli bir DNA fragmanının, örneğin Borrelia proteinlerini kodlayan genlerin polimeraz enzimi kullanılarak çoklu amplifikasyonundan (genellikle 30-40 döngüde) oluşur.
Ardından amplifiye DNA fragmanını görselleştirmek için özel moleküler boyalar kullanılır. PCR, spesifik DNA fragmanlarının amplifikasyonu sayesinde ultra hassas bir yöntemdir.
PCR yönteminde, DNA fragmanları, bakteri DNA'sının belirli bir bölgesi için spesifik primer çiftleri kullanılarak amplifiye edilir. Örneğin, Lyme hastalığının teşhisinde kullanılan PCR hedef bölgeleri, proteinleri kodlayan genlerdir; 16S rDNA, recA, fla, p66, OspA
Testin yapılabileceği biyolojik materyal:
- kan
- göç eden eritemden cilt bölümü
- beyin omurilik sıvısı
- eklem veya kıkırdak sıvısı
- idrar
PCR (test) - PCR yönteminin uygulanması
Lyme borreliosis teşhisine ek olarak, PCR yöntemi diğer mikroorganizmaların veya insanların spesifik DNA parçalarını tespit edebilir. Bu nedenle PCR yöntemi şu durumlarda da kullanılır:
- viral enfeksiyonların teşhisi ve izlenmesi: herpes virüsleri (herpes virüsü, herpes zoster, Epstein-Barr, sitomegalovirüs), HIV, hepatit virüsleri (HBV ve HCV)
- Bakteriyel enfeksiyonların, özellikle bu bakterilerin teşhisi ve izlenmesi,kültürler yoluyla tanımlanamayan, örneğin tüberküloz
- neoplastik hastalıkların teşhisi ve izlenmesi: lösemi, meme kanseri, kolorektal kanser, akciğer kanseri
- kanser yatkınlığının teşhisi: meme ve yumurtalık kanseri (BRCA1 ve BRCA2 genleri), kolorektal kanser (APC ve CHEK2 genleri)
- genetik hastalıkların teşhisi: hemokromatoz (HFE geni), talasemi (HBA1 ve HBA2 genleri), çölyak hastalığı (HLA genleri)
- Çocuğun ve babanın DNA uyumluluğunu tespit eden babalık testleri
Şu anda PCR yönteminde birçok değişiklik var. Örneğin Lyme hastalığının teşhisinde ağırlıklı olarak nested PCR (nested PCR) ve real-time PCR ( ) yöntemleri kullanılmaktadır. İkincisi nicel bir yöntemdir ve test edilen biyolojik materyaldeki Borrelia DNA kopyalarının tam sayısının belirlenmesine olanak tanır.
PCR (test) ve Lyme hastalığı
Lyme hastalığının teşhisinin temeli serolojik testlerdir. Ancak bu testlerin yalancı negatif çıkmasına neden olabilecek klinik durumlar vardır:
- serolojik pencere, yani vücudun Borrelia'ya karşı henüz spesifik IgM ve IgG antikorları üretmediği ilk enfeksiyon dönemi
- yeterli antikor üretmeyen bağışıklığı baskılanmış kişilerde
- Borrelia antijenleri ve onlara özgü antikorlardan oluşan ve antikorların serolojik yöntemlerle saptanmasını engelleyen immün komplekslerin varlığı
Hastanın Lyme hastalığı semptomları olduğundan şüpheleniliyorsa ve serolojik test sonuçları negatifse PCR yöntemine dayalı moleküler bir test yapılabilir.
Borrelia spiroketlerinin DNA'sı, vücut sıvılarındaki spiroketlerin sayısı o zaman en yüksek olduğu için enfeksiyonun erken evrelerinde tespit edilebilir.
Lyme borreliosis tanısında öncelikle ELISA gibi serolojik yöntemler kullanılır, ancak bazı klinik durumlarda PCR yöntemi kullanılarak genetik testler yardımcı olur.
Enfeksiyondan itibaren geçen süre ne kadar uzun olursa, bakteri DNA'sını tespit etme olasılığı o kadar düşük olur. Bu nedenle bazı durumlarda PCR testi yapılmadan önce 1-2 hafta özel besiyerlerinde bakteriler büyütülür ve ardından test yapılır.
Bu yaklaşım, Lyme Lyme hastalığı şüphesi ve alınan beyin omurilik sıvısı durumunda kullanılır. Enfeksiyonun geç evresinde ELISA testi yapılması daha uygundur.
Standardizasyon eksikliği nedeniyle Lyme hastalığının rutin tanısında PCR yöntemi kullanılmamalıdır.Polonya'da Borrelia burgdorferi çeşitlerinin oluşumu ile ilgili.
Ancak tanıda güçlük yaşanması durumunda (özellikle hastalığın erken evrelerinde) PCR testinin sonucu tanı sürecinde yardımcı olur.
Pozitif bir test sonucu, test edilen materyalde Borrelia burgdorferi DNA'sının ve varyantlarının tespit edildiği anlamına gelir, ancak organizmanın aktif olarak enfekte olup olmadığını açıklamaz. Öte yandan olumsuz bir sonuç, vücutta bakteri varlığını dışlamaz.
Bazı laboratuvarlar, kene içinde Borrelia DNA'sının varlığı için testler sunar. Ancak böyle bir testin sonucu, ısırılan bir kişide Lyme hastalığının teşhisi için temel oluşturmaz.
PCR - sonuçlar. Yanlış pozitif olabilirler mi?
PCR ultra hassas bir yöntemdir ve aynı zamanda kontaminasyona karşı çok hassastır. Bu nedenle, PCR tabanlı testlerde yanlış pozitif sonuçları ekarte etmek için uygun bir dahili kontrol seçmek çok önemlidir.
Testler için materyalin doğru toplanması ve testi yapan teşhis uzmanının deneyimi ve güvenilirliği de kilit öneme sahiptir.
PCR - sonuçlar. Yanlış-negatif olabilirler mi
Herhangi bir laboratuvar testinde olduğu gibi PCR yönteminde de yanlış negatif sonuçlar ortaya çıkabilir. Heparin gibi bazıları PCR reaksiyonunu engelleyebileceğinden, burada uygun bir antikoagülan için kan alınması çok önemlidir.
Antibiyotik tedavisine başladıktan sonra materyal toplamak, PCR reaksiyonunun etkinliğini az altabilir ve yanlış negatif sonuç olasılığını artırabilir.
Borrelia bakterilerinin kanda ve vücut sıvılarında çok kısa süre yaşadığı da unutulmamalıdır, çünkü özel reseptörler sayesinde vücuttaki "ulaşılması zor" yerlere çok hızlı nüfuz ederler.
Bu nedenle, diğer mikroorganizmaların teşhisinin aksine, biyolojik materyaldeki Borrelia spiroketlerinin sayısı azdır, hatta bazen PCR yönteminin tespit sınırındadır. Bu da yanlış negatife neden olabilir.
Referanslar
- Dunaj J. ve ark.Lyme borreliosis tanısında PCR yönteminin önemi. Araştır Epidemiol. 2013, 67, 119 - 123.
- Kene kaynaklı hastalıkların laboratuvar teşhisi Çalışma Grubunun Tavsiyeleri: Ulusal Laboratuvar Teşhis Uzmanları Odası, Ulusal Halk Sağlığı Enstitüsü-Ulusal Hijyen Enstitüsü, bulaşıcı hastalıklar alanında Ulusal Danışman, Enfeksiyon Hastalıkları ve Nöroenfeksiyonlar Departmanı , Białystok Tıp Üniversitesi, Polonya Viroloji Derneği, Varşova 2014.
- Ružić-Sabljić E. ve Cerar T. Lyme hastalığının moleküler tanısında ilerleme. Uzman Rev Mol Diagn. 2022Ocak; 17 (1): 19-30.
- Valones M.A.A. ve diğerleri Polimeraz zincir reaksiyonunun tıbbi teşhis alanlarındaki ilkeleri ve uygulamaları: bir inceleme. Braz J Mikrobiol. 2009 Ocak-Mart; 40 (1): 1-11.
Karolina Karabin, MD, PhD, moleküler biyolog, laboratuvar teşhis uzmanı, Cambridge Diagnostics PolskaMesleği mikrobiyolojide uzmanlaşmış bir biyolog ve laboratuvar çalışmalarında 10 yılı aşkın deneyime sahip bir laboratuvar teşhis uzmanı. Moleküler Tıp Fakültesi mezunu ve Polonya İnsan Genetiği Derneği üyesi Varşova Tıp Üniversitesi Hematoloji, Onkoloji ve İç Hastalıkları Bölümü Moleküler Tanı Laboratuvarı'nda araştırma bursu başkanı. Varşova Tıp Üniversitesi 1. Tıp Fakültesi'nde tıbbi biyoloji alanında tıp bilimleri doktoru unvanını savundu. Laboratuvar teşhisi, moleküler biyoloji ve beslenme alanında birçok bilimsel ve popüler bilim eserinin yazarı. Günlük olarak, laboratuvar teşhisi alanında bir uzman olarak, Cambridge Diagnostics Polska'da içerik departmanını yönetiyor ve CD Diyet Kliniğinde bir beslenme uzmanları ekibiyle işbirliği yapıyor. Hastalıkların teşhisi ve diyet tedavisi konusundaki pratik bilgilerini konferanslarda, eğitimlerde, dergilerde ve web sitelerinde uzmanlarla paylaşıyor. Özellikle modern yaşam tarzının vücuttaki moleküler süreçler üzerindeki etkisiyle ilgileniyor.